В 1918 году комсомольцы Барнаула основали молодежную студию. У них не было собственного здания — актёры играли в городских парках, дворцах культуры, на квартирах. Лишь 24 сентября 1958 года был официально создан Алтайский краевой театр юного зрителя. Свой первый спектакль «Именем революции» ТЮЗ в статусе профессионального театра показал на сцене ДК БМК. До 1963 года труппа работала в здании на проспекте Ленина, 7, а с 1964 года театр переехал на площадку по адресу — улица Пионеров, 2. В 1960—1970-е годы в ТЮЗ пришли молодые актёры, ставшие впоследствии заслуженными артистами: Георгий Асатиани, Людмила Познякова, Нина Таякина, Владимир Лопатин.
В репертуаре театра в то время имелись достаточно разноплановые спектакли: для детей — «Красная шапочка», «Золушка» и «Муха-цокотуха»; для молодежи — «Мальчишки из Гаваны», «Они и мы», «Сомбреро», «РВС», «Высоко в синем небе»; для взрослой аудитории — «На дне», «Дон Кихот».
В 1997 году директором ТЮЗа стала Татьяна Козицына. В репертуаре появились спектакли приглашенных режиссёров и художников: «Маленькие трагедии» (Сергей Красноперец, Москва); «Любовь к трем апельсинам» (Андрей Зябликов и Юлия Акс, Москва); «Мандрагора» (Сергей Бобровский и Ольга Смагина, Новосибирск); «Бременские музыканты» и «Вождь краснокожих» (Сергей Тимофеев, Омск).
В 2000 году ТЮЗ сменил название на «Молодёжный театр Алтая». В 2003 году художественным руководителем театра стал народный артист России Валерий Золотухин. При его участии осуществлен ряд крупных театральных проектов, в частности, были поставлены спектакли — «На дне», «Ревизор». Театральный сезон 2008/2009 стал юбилейным, пятидесятым.
В 2011 году театр переехал на площадь Октября в полностью отреставрированное и перестроенное здание бывшего ДК БМК. Площадь театра увеличена почти в 2 раза, изменен зрительный зал, построена сценическая коробка. Верхний балкон в зале сохранился со времен ДК, при этом боковые ложи пристроены уже во время реконструкции. Новая сцена имеет поворотный круг, оборудована современной светотехникой и необходимыми театральными конструкциями. Зал рассчитан на 472 места. При этом предусмотрены специальные места для людей с ограниченными возможностями.